Iki 1990 metų Sveikatos apsaugos ministerija ir jos higienos centrai buvo vienintelė sistema, atsakinga už valstybinę radiacinės higienos priežiūros ir kontrolės organizavimą bei vykdymą šalyje. Vykdant valstybinę radiacinės higienos priežiūrą ir kontrolę šių funkcijų įgyvendinimui papildomai buvo įsteigti specializuoti radiacinės saugos padaliniai Vilniaus, Šiaulių, Panevėžio visuomenės sveikatos centruose.

Iš viso šešiuose visuomenės sveikatos centruose veikė atskiri radiacinės saugos padaliniai (Vilniaus, Kauno, Klaipėdos, Šiaulių, Panevėžio, Utenos VSC Ignalinos (Visagino) filiale). Nuo 1997 metų Sveikatos apsaugos ministerijos įsakymu įsteigtas Valstybinės visuomenės sveikatos priežiūros tarnybos Radiacinės saugos centras. Minėtam centrui buvo pavesta organizuoti bei koordinuoti Sveikatos apsaugos ministerijai pavaldžių visuomenės sveikatos centrų veiklą, garantuojant gyventojų ir aplinkos radiacinę saugą, savo kompetencijos ribose organizuoti ir vykdyti LR juridinių ir fizinių asmenų veiklos valstybinę visuomenės sveikatos radiacinės saugos priežiūrą ir kontrolę.

Siekiant Lietuvoje įgyvendinti Pagrindinėse radiacinės saugos normose, kurios patvirtintos Tarptautinės atominės energijos agentūros, Pasaulio sveikatos organizacijos, Tarptautinės darbo organizacijos, Maisto ir žemės ūkio produkcijos organizacijos ir kitų tarptautinių organizacijų bendru nutarimu ir Europos Tarybos 1996 m. gegužės 13 d. direktyvoje 96/29 Euratom „Pagrindinės dirbančiųjų ir gyventojų sveikatos apsaugos nuo jonizuojančiosios spinduliuotės pavojaus saugos normos“ išdėstytus reikalavimus bei rekomendacijas, buvo parengtas Radiacinės saugos įstatymo projektas, kuris 1999 m. sausio 12 d. priimtas Lietuvos Respublikos Seime. Remiantis šio įstatymo 7 straipsnio nuostatomis, Radiacinės saugos centrui pavedama jonizuojančiosios spinduliuotės šaltinių registravimo ir jų saugumo kontrolė, licencijų veiklai su jonizuojančiosios spinduliuotės šaltiniais išdavimas, sustabdymas, atnaujinimas, panaikinimas, valstybinė radiacinės saugos priežiūra ir kontrolė, įstatymų, kitų teisės aktų, norminių dokumentų radiacinės saugos srityje projektų ruošimas, galimų branduolinių ir radiacinių avarijų perspėjimas bei pasiruošimas jų pasekmių likvidavimui, radiacinės saugos būklės bei dirbančiųjų ir gyventojų apšvitos monitoringas, galimos jonizuojančiosios spinduliuotės įtakos dirbančiųjų ir gyventojų sveikatai monitoringas, gyventojų mokymas radiacinės saugos klausimais. Radiacinės saugos centro steigėjas – Sveikatos apsaugos ministerija.

1999 m. sveikatos apsaugos ministrui patvirtinus Radiacinės saugos centro nuostatus, visos radiacinės saugos funkcijos, kurias pagal kompetenciją vykdė teritoriniai visuomenės sveikatos centrai, perduotos Radiacinės saugos centrui.

1997 m. Radiacinės saugos centras veiklą pradėjo turėdamas 16 darbuotojų. Šiuo metu Radiacinės saugos centras turi teritorinius skyrius Kaune, Klaipėdoje ir Šiauliuose, centre dirba daugiau nei 60 darbuotojų.