При выполнении своих функций, Центр радиационной защиты (далее ЦРЗ) сотрудничает с государственными и муниципальными органами, учреждениями медицинской и научно-образовательной сфер. В 2008 г. были подписаны два соглашения о сотрудничестве:
• 19 февраля ЦРЗ и школа пожарных - спасателей подписали Соглашение о сотрудничестве, которым обязались сотрудничать в области подготовки материалов и средств профессиональной подготовки и просвящении в области гражданской, противопожарной и радиационной безопасности.
• 17 июля в целях обеспечения согласованния, координации и повышения эффективности общих действий и существующих средств в области радиационной безопасности, ЦРЗ и Служба защиты государственной границы подписали соглашение о сотрудничестве, которое предусматривает обмен информацией, касающейся радиационной безопасности, определение общих действий при обнаружении или задержании незаконных либо бесхозных источников ионизирующего излучения (ИИИ), а также определении повышенного уровеня ионизирующих излучений загрязненного объекта , порядок предоставления служебной и методологической помощи и обучения сотрудников Службы защиты государственной границы  по вопросам радиационной безопасности.

В ходе осуществления подписанных в предыдущем году соглашений о сотрудничестве, ЦРЗ развивает сотруднические отношения с Противопожарной службой спасения, Каунасским технологическим университетом, факультетами медицины и физики Вильнюсского университета, факультетом инженерной экологии Вильнюсского технического университета, Литовской ветеринарной академией, факультетом дизайна и технологий Вильнюской коллегии. С этими государственными и академическими учреждениями осуществляется обмен информацией, проведение исследований, подготовка специалистов по радиационной безопасности.
В целях обеспечения эффективности возложеных государством на ЦРЗ функций, поддерживается тесное сотрудничество с Минздравом, Министерствами окружающей среды, экономики, внутренних дели и охраны края, Государственной инспекцией по безопасности атомной энергетики, Государственной продовольственной и ветеринарной службой, Департаментом таможни, Государственной метрологической службой, агентством по обращению с радиоактивными отходами, Литовской ассоциацией радиологов, Литовскими сообществами радиационной защиты и медицинской физики.